A origem da Uniso foi a Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Sorocaba, criada como Faculdade Municipal, em 1951, mas que só começou a funcionar quando o Bispado de Sorocaba aceitou administrá-la, em 1954, com os dois primeiros cursos: Pedagogia e Letras Neolatinas. No ano seguinte, três novos cursos: Filosofia, Geografia e História. Começo humilde e, paradoxalmente, brilhante para a época, com professores vindos de São Paulo e do exterior, e cursos de tempo integral, manhã e tarde.

Em 1967, começou o curso de Administração de Empresas e, em 1968, o de Matemática. Com a reforma do ensino e a "Época Passarinho" na Educação, foi necessário criar, em 1970, cursos de Técnicas Comerciais, Artes Industriais e Estudos Sociais, e construíram-se novos prédios. Foram cursos circunstanciais, que se esvaziaram e se inviabilizaram no breve espaço de 4 ou 5 anos. Em compensação, Ciências Contábeis e Ciências Econômicas surgiram e se consolidaram.

Entre 1988 a 1994 desenvolveu-se o projeto de criação da Universidade (Projeto Uniso). Nesse processo, constituíram-se, em 1992, as Faculdades Integradas Dom Aguirre (Fida) e, em 1994 (15/9), chegou-se à criação da Uniso. Em 1995, começaram a funcionar Análise de Sistemas, Jornalismo, Publicidade e Propaganda e Direito. Em 1996, Comércio Exterior e Pedagogia, habilitação para a Formação de Professores de Deficientes Mentais. Em 1997, Letras (Português-Espanhol). Em 1998, Farmácia e Bioquímica, Terapia Ocupacional, Hotelaria, Turismo e Matemática. Em 1999, houve a inauguração da primeira parte da Cidade Universitária. Em 2000, foram inaugurados, na Cidade Universitária, os Laboratórios de Saúde, de Hotelaria e de Turismo.

Em 2001, começaram a funcionar dois novos cursos de graduação: Sistemas de Informação e Nutrição.
Em 2002, foi inaugurado o Laboratório de Nutrição e iniciados os primeiros passos para a abertura de cursos da Uniso fora de Sorocaba, a saber, em Tietê/SP.

Em 2003, iniciou-se o curso de Pedagogia em Tietê.
Em 2004, iniciaram-se os cursos de Teatro/Arte-Educação, Física, Relações Públicas e em Tietê o curso de Administração de Negócios.
Foi inaugurada a Biblioteca Central "Aluisio de Almeida", na Cidade Universitária.

Na Pós-Graduação, os cursos de Especialização ganharam grande incremento, a partir de década de 80,com ofertas, em média, de dez cursos por ano.
Em agosto de 96, iniciou-se o primeiro Mestrado da Uniso, na área da Educação, vindo este a ser credenciado pela CAPES em 2002.

Em 2006, começaram a funcionar os Cursos Superiores de Tecnologia em Gestão de Marketing de Varejo, Gestão de Produção Industrial, Gestão Financeira, Design Gráfico e o bacharelado em Biotecnologia. Também, foi recomendado pela Capes o reconhecimento do Programa de Mestrado em Comunicação e Cultura, na área de concentração em Mídias e com as Linhas de Pesquisa: “Comunicação Midiática” e “Produção Cultural Midiática”.